職員会議は学校の意思形成過程における重要な機関として各学校に置かれてきたが、2000年1月の学校教育法施行規則改正までは、法令上何の根拠ももっていなかった。しかし同改正によって、学校には「校長の職務の円滑な執行に資するため、職員会議を置くことができる」とされ、「職員会議は校長が主宰する」と規定された。
従来、職員会議の性格をめぐっては、議決機関（最高意思決定機関）とする説や、校長の諮問機関あるいは補助機関とする説などがあったが、この規定によって、校長の校務執行を助けるための補助機関という性格づけが制度上、明確になった。
校長の校務掌理権を踏まえるなら、学校経営上の最終的な意思決定権限は校長の下にある。ただし、学校組織が有する特性や教育活動の独自性を考慮すれば、職員会議における全教職員の参加と、そこでの合意形成の機能はきわめて重要である。そのことを踏まえた運営がなされなければならない。
